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  • 21.09.2017

At the same level of false positives, best previous method detected We also show that probes with differing binding affinity both hinder differential expression detection and introduce artifacts in cancer-healthy tissue comparison. Detection and removal of such probes should be a routine step in Affymetrix data preprocessing.

We prepared a user friendly R package, compatible with Bioconductor, that allows the filtering and improving of data from Affymetrix microarrays experiments. In microarray gene expression analysis, there is an assumption that a probe has the same set of targets in compared groups and therefore differences in probe signal intensity are caused by different levels of gene expression. This assumption does not hold when experimental groups with different genetic makeup are compared, as the target region of a specific probe may contain SNPs and other sequence differences.

Experimental groups may also differ in their set of expressed isoforms or cross-hybridizing targets. The latter issue may arise even between genetically identical samples, such as when comparing different tissues, or samples differing in applied treatment. The binding affinity for such probes will differ between exprimental groups and the difference in signal intensity will be confounded with transcript abundance. We termed probes with such b inding a ffinity d ifferences BAD probes.

BAD probes lead to errors in estimates of differential gene expression[ 1 ], disruption of eQTL mapping[ 23 ] and errors in resolving cis and trans effects[ 4 ]. We ourselves have shown that BAD probes both introduce spurious gene expression differences and, by disrupting normalization, reduce the power to detect true ones[ 5 ].

On the other hand, BAD probes might be useful as genetic markers distinguishing species or strains called also single feature polymorphisms, SFPs [ 67 dating par affinite vaasa. The number of affected probes depends on the genetic distance between experimental groups. To overcome this problem, several approaches were employed, including: The advantage of the last approach is that sexsi seuraa lappeenranta concerning sequences or actual targets isoform and cross hybridizing targets need not be known.

How dating par affinite vaasa specific factors interact with each other and other protein and mRNA components of the germ granules and how they exert their function on germ cell biology is subject of intense study. In Drosophilagerm plasm is synthesized during oogenesis and assembles at the posterior pole of the egg cell.

Initially, the fertilized fly embryo is syncytial and nuclei divide in the center of the developing embryo. Once the nuclei begin migrating towards the surface of the embryo, those that become engulfed by the germ plasm at the posterior will develop into primordial germ cells PGCswhile the rest will differentiate and give rise to all somatic tissues.

Thus, the role of the germ plasm is not only to specify the position of PGC formation but also to prevent differentiation of Dating par affinite vaasa into somatic cells, thereby maintaining their totipotency. On a protein level, Drosophila germ plasm is composed of the core germ plasm proteins, Oskar, Vasa and Tudor and a number of proteins involved in various aspects of RNA biology 13. Germ plasm formation begins with microtubule-dependent localization of osk mRNA to the posterior pole during early oogenesis.

Upon localization, osk filipina datingside oulu translationally competent, produces Oskar protein, which later recruits Vasa protein along with other germ plasm proteins as well an estimated maternally provided mRNAs, such as cyclinB cycBnanos nospolar granule component pgc and germ cell less gcl 4. Using live cell imaging and genetic flourescent-tagging of the mRNA it has dating par affinite vaasa shown that nos mRNA localization to the germ plasm occurs passively via a diffusion and entrapment mechanism that is further facilitated by cytoplasmic streaming, which swirls the deposited nurse cell cytoplasm in the oocyte 5.

It is believed that other maternally provided mRNAs enriched at the posterior are localized by this process. Localized dating par affinite vaasa have important, often conserved roles in germ cell formation, specification, survival and migration 3. Only localized mRNAs are translationally active, while their unlocalized counterparts, distributed throughout the egg are translationally silent 78. Despite the fact that mRNA localization seems to play a key role in the establishment of the germ line, little is known about how localization organizes transcripts within the germ granules and whether this organization specifies their functional properties.

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'maskBAD' - a package to detect and remove Affymetrix probes with binding affinity differences

Nature Communications

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